千年之前，女媧補天后遺留的補天石碎片蘊含混沌之力，被封印于昆侖、蓬萊、歸墟三處秘境。千年后，凡人過度開采靈氣致使封印松動，混沌之力侵蝕三界，‘永夜之劫’降臨，妖獸橫行，仙界與人間陷入危機。大周邊境孤兒凌蒼，作為補天石碎片的化身，在妖獸屠村時覺醒混沌之力，被昆侖墟叛逃弟子玄璃救下。二人誤入蓬萊島，目睹九尾狐受上古兇獸‘饕餮’操控，以幻術蠱惑妖族獻祭。東海龍王后裔敖光為奪蓬萊秘寶‘歸墟鏡’與主角團合作，鏡中映出女媧補天的真相令其動搖。隨后，九尾狐被饕餮反噬，蓬萊島沉沒，精衛為救眾人召喚畢方鳥焚海，自身神魂開始消散。之后，主角團潛入昆侖墟盜取補天石地圖，揭露守舊派長老與天庭勾結，以凡人城池為陣眼加固封印。玄璃通過‘窺天瞳’發現凌蒼補全天道需犧牲魂魄，二人情感與使命沖突加劇。在昆侖墟‘登天梯’之戰中，凌蒼以混沌之力對抗雷劫，敖光化龍斷角救場。最后，大周國師啟動‘天機弩’轟擊天庭，實則欲以三界生靈為祭重塑補天石，凌蒼被迫與饕餮殘魂融合對抗。精衛以神魂填補歸墟裂縫，玄璃逆轉符咒將‘窺天瞳’移植給凌蒼，助其窺見第三條道路——粉碎補天石，以混沌重構三界法則，代價是神族永墮輪回。